先天性膽道閉鎖主要鑒別疾病是新生兒期肝炎，鑒別檢查手段如下： 1、膽紅素動態觀察，如果持續上升提示為膽道閉鎖，但重型肝炎合并肝外膽管阻塞時也可表現為逐漸上升，此時鑒別困難； 2、超聲檢查，主要是能否觀察到膽囊。若膽囊很小，如1.5cm以下膽囊提示為膽道閉鎖。如果發現膽囊正常，一般不支持膽道閉鎖，而考慮肝炎。若B超能看到肝內膽管分布，則基本上排除膽道閉鎖疾病，所以B超檢查是膽道閉鎖的一個重要篩查手段； 3、肝功能排泄試驗，因為肝細胞對锝99二乙基-亞氨基二乙酸藥有比較高攝取率，可以用于診斷結構異常所致膽道部分梗阻。在膽道閉鎖早期，肝細胞功能還比較好，所以對此藥攝取良好，五分鐘內肝可以顯影。但在膽道不顯影，甚至藥物攝取24小時后腸道內也不顯影，因為膽汁要排泄到腸道，所以如果閉鎖則不顯影。如果是新生兒肝炎，腸道里有膽汁可以顯影； 4、定量試驗，脂蛋白X是一種低密度脂蛋白，在膽道梗阻時候升高，所有膽道閉鎖病例脂蛋白X都升高，而且升高明顯，且在日齡比較小時可以出現陽性。如果出生已經超過四周，脂蛋白X不升高，排除膽道閉鎖。如果脂蛋白X定量超過500mg/dL，考慮膽道閉鎖可能性比較大； 5、膽汁酸定量測試，膽道閉鎖時血清總膽汁酸為107-294μmol/L，一般認為達到100μmol/L時候都屬于淤膽。尿內膽汁酸為早期篩查手段，膽道閉鎖時尿總膽汁酸平均為19.93± 7.53μmol/L，較正常患兒要大十倍左右； 6、膽道顯影檢查是診斷金標準，主要是ERCP，為消化內鏡下逆行膽胰管造影，已經用于早期診斷。造影可以發現膽道閉鎖，而且可以發現很多情況，比如有時發現膽胰管合流異常，胰管與膽管均顯影，但肝內膽管不顯影，也是膽道閉鎖一種，提示肝內型閉鎖； 7、磁共振膽胰管顯影，即MRCP，相較于ERCP，屬于無創式，觀察膽胰管形態時可以替代ERCP的方法； 8、肝穿刺病理學檢查，膽道閉鎖穿刺組織活檢主要表現為膽小管明顯增生和膽汁淤栓，門靜脈區域周圍纖維化，但部分標本也可出現多核巨細胞，導致多核巨細胞增多，和肝炎鑒別比較困難； 9、腹腔鏡探查手段既是一種手術方式，也是一種檢查手段，但為有創手段。當肝外膽管閉鎖時，可以探查到萎縮的膽囊及纖維化膽總管，既可以進行檢查，也可以同時進行葛西手術治療膽管閉鎖。