腦炎的恢復要根據患兒具體發病情況決定，病情較輕的患兒可能幾天或幾周就可以好，病情較重的孩子可能需要3-6個月或更久。還有一部分孩子比較嚴重，可能后期會留下很重的殘疾。 病情輕重與當時發病時患兒出現癥狀的程度有關，同時與出現意識障礙的時間和持續時間也有關系。當然，腦部的影像學檢查腦部損傷部位過多、過大、過深，恢復起來可能會更慢。還有一部分患兒在整個發病過程中是否有伴隨癥狀，如比較嚴重的癲癇發作、腦電圖異常，也會對恢復有影響。