腦炎后遺癥一般會在6個月時顯現，但不一定所有腦炎患者都會有后遺癥。輕癥腦炎一般不遺留后遺癥，腦炎后遺癥多發生在重癥腦炎患者，此類患者神經影像學如頭部磁共振等檢查可見結構性異常，如腦軟化、膠質增生等。 常見的腦炎后遺癥包括語言障礙、意識障礙、認知障礙、運動障礙、吞咽障礙、視聽功能障礙、癥狀性癲癇及精神行為異常等。腦炎患者恢復期一般為1-3個月，前6個月都屬于恢復期，恢復期積極治療可減少后遺癥的發生，因此臨床工作中需要注意早期識別、早期處理、早期康復訓練。