兒童腦炎根據不同類型治療時間不同。輕癥病毒性腦炎患者需觀察有無發燒、頭痛、嘔吐、精神狀況，若精神狀況良好，神經消化系統未受影響，體溫逐漸恢復，一般2周左右可自行恢復；普通細菌性腦炎需進行足療程抗生素治療，治療周期為2-3周左右，此外特殊細菌性腦炎治療周期更長。 要根據專科醫生對孩子病情進行評估，根據檢查結果制定治療周期方案；特殊類型腦炎如免疫性腦炎，治療周期需根據影像學、精神行為、臨床表現進行綜合評估，此類患者治療周期往往長于其他類型腦炎。