病毒性腦炎治療療程通常為2周，但是要根據不同病原學判斷。腦炎有多種病毒引起，分為DNA病毒與RNA病毒，DNA病毒較常見的包括單純皰疹病毒、巨細胞病毒、EB病毒等，RNA病毒包括腸道病毒，如手足口病毒、腮腺炎病毒、乙腦病毒等。 如果為單純皰疹病毒腦炎，抗病毒治療的阿昔洛韋要足療程用到2周，2周后要根據患者情況進行判斷。如果復查患者腦脊液顯示DNA陽性，需再鞏固治療1周。其它病毒如柯薩奇病毒或者其它腸道病毒，一般對癥治療5-7天后情況改善，患者可以出院。部分重癥腦炎，如EV71或者乙型腦炎病毒引起的腦炎，并沒有特效的抗病毒藥，只能對癥處理，如支持療法、增強抵抗力，降顱壓治療、針對驚厥治療，總體屬于綜合治療，療程一般較久，可能在3-4周。