診斷原發性肝癌，最有價值的定性診斷是病理診斷，為診斷肝臟惡性腫瘤的金標準。一般外科手術切除后進行病理診斷，或術前通過腫瘤穿刺取得活檢來進行病理切片分析，即可確診原發性肝癌。臨床上并非所有肝癌患者需通過穿刺活檢確診，也并非所有患者能接受外科手術治療。對于原發性肝癌的臨床診斷，主要通過抽血檢測腫瘤標志物如甲胎蛋白水平，還有典型影像學特征，在增強CT、增強核磁檢查下，肝臟腫瘤可表現為造影劑快進快出的特點。影像學診斷配合腫瘤標志物升高，再結合患者既往慢性肝病的病史，即可做出原發性肝癌的臨床診斷。病理診斷主要用于難以確診的肝癌，或需通過藥物進行干預時，包括化療、靶向藥物治療，免疫治療等，有必要進行肝臟病理學檢查。