導致做完腸鏡后肚子疼痛的原因具體如下：1、腸脹氣：做腸鏡時會往腸管里打氣，如果操作的醫生在退鏡觀察時，未將氣體完全抽吸干凈，病人可出現疼痛。因為腸道對擴張機器很敏感，腸道內有機器，會往下繼續排，腸道蠕動時可出現疼痛，放幾個屁后，疼痛可緩解，無需緊張；2、腸糜爛：做腸鏡時可能進行活檢、治療等操作，刺激腸壁，可能出現后續的疼痛。還可能活檢部位有小的糜爛出現，一般在正規醫院檢查，醫生會很謹慎。等到觀察無活動性出血才退鏡，一般這種可能性不大；3、腸穿孔：極個別患者進行檢查后有穿孔，觀察腸道可看到腸道有很多皺襞。在操作時，進結腸的脾曲，以及肝曲時，難度較大。醫生經驗不夠豐富，或者病人體質較脆弱，均可出現穿孔。一旦出現肚子劇烈疼痛，需及時去醫院進行腹部立位平片的檢查，查看有無穿孔。