肛瘺的微創手術費用根據不同資料病情、治療方法不同而不相同。比如低位簡單的肛瘺，住院時間短，用的方法也簡便，可能幾千元解決。但是比較復雜高位的肛瘺，需要掛線等治療的情況，住院時間長可能會花費1-2萬元。根據是否有合并癥，例如住院期間有糖尿病、心臟病或其它病，用藥物治療的花費也比病情簡單的病人，花費要高出幾倍甚至更多。所以費用在臨床根據病情、采用手術方法、住院時間長短、合并癥不同而不同。