肛瘺手術要想根治肛瘺，最關鍵的就是要把肛瘺里面的慢性炎性肉芽組織完全清除干凈，把原發灶的內口要完全清除處理好，才有可能根治。因為肛瘺創傷一般比較大，所以醫生們逐年開展微創手術，包括瘺管里面填塞生物材料，然后打生物膠。還有LIFT手術、肛瘺鏡手術。 這些微創手術的好處就是創傷小，但是復發率比傳統手術還要高，因為不能把瘺管完全切開，所以有時候就避免不了壞死組織的殘留，有壞死組織殘留就容易復發。因此這些微創手術更適合瘺管比較直，比較單純，有把握能完全不在直視的情況下清除干凈的肛瘺手術。但是微創手術可以結合傳統手術應用，也可以減少部分創傷，又達到根治的目的。主要應根據瘺管走形，根據經濟承擔能力選擇。