所謂微創手術主要是損傷小、痛苦小、恢復快的手術。針對肛瘺的微創手術即要針對肛門括約肌功能的保護，避免損傷或者減少損傷肛門括約肌，如： 1、肛瘺掛線術是在外括約肌深部，不是直接切開括約肌深部，而是掛一個橡皮筋慢慢切割的作用，導致括約肌切開，一邊切開一邊生長，不會完全斷裂導致大便失禁； 2、瘺管清創加纖維蛋白膠注射以及肛瘺栓填塞術。這兩種手術主要是加一些醫用的生物材料，把瘺管搔刮干凈以后注入到瘺管腔內促進瘺管愈合； 3、括約肌間瘺結扎術也稱為LIFT手術，是泰國的肛腸專家發明的這種手術方式，是在內外括約肌之間將瘺管結扎，然后將外括約肌以外的部分瘺管搔刮干凈、慢慢引流然后愈合； 4、括約肌間瘺管結扎加肛瘺栓填塞術，將前兩者手術融合在一起； 5、視頻輔助瘺管治療術，是通過瘺管鏡插入到瘺管內將瘺管壁搔刮干凈，瘺管慢慢愈合。