肝膿腫鑒別診斷，在病原菌方面主要區別細菌性和阿米巴性膿腫，另外有些右肝的膿腫比較靠近右膈下，要跟右膈下膿腫區別。如果是右膈下膿腫，詳細的B超或者CT檢查可以區別出來。 另外一個就是肝內膽管結石并感染的鑒別，這方面比較難，因為膽管結石并感染的患者本身也是引起肝膿腫的一個病因，大部分患者擴張的膽管感染，跟肝膿腫的表現有時比較難以區別，詳細的CT或者B超檢查是必要的。 另外一個就是伴有高熱的原發性肝癌，特別是肝癌，巨大的肝癌里面并有一些癌細胞壞死，癌性發熱因子釋放的時候，第一方面肝臟有占位，里面有液化， 另外又表現出一個明顯的高熱狀態，這個方面就比較難鑒別，一般通過有沒有肝炎或者引起肝癌的相關因素，肝癌AFP相關指標升高，肝臟腫物的包膜表現來做一個鑒別。