肺孢子菌肺炎稱作卡氏肺囊蟲疾病，通常見于免疫功能極度低下患者，例如艾滋病患者、腫瘤放化療患者、器官移植以后患者。除針對原發病基礎疾病治療以外，主要是針對肺孢子菌病原學治療，首選藥物是復方磺胺甲惡唑。同時，糖皮質激素可抑制肺孢子菌炎癥發生。 患者如果明確診斷是肺孢子菌肺炎，應該及時住院就診。此類疾病帶來臨床后果比較嚴重，患者本身有基礎疾病，免疫功能低下，要注意免疫功能修復。