胃腸道間質瘤復發后較難被治愈，但可以通過接受靶向藥物的治療達到比較滿意的效果。對于部分胃腸道間質瘤復發患者，身體情況較差，腫瘤體積比較大，患者已經不能耐受手術的情況下，基本很難被治愈。部分患者復發腫瘤相對比較局限，能夠進行手術治療的患者，應盡早進行再次手術完整切除腫瘤，但以后仍有復發的風險，不能算被治愈。一旦被確診復發應該以靶向藥物治療為主，主要藥物是一線靶向藥物伊馬替尼、二線藥物舒尼替尼、三線藥物瑞戈非尼、四線藥物瑞派替尼的治療。治療靶點主要針對的是C-KIT和PDGFRα，針對復發轉移性胃腸道間質瘤患者，可很好地控制腫瘤。另外，在復發轉移性的胃腸道間質瘤的靶向治療中，如果腫瘤控制良好，甚至出現縮小，經過外科醫生再次評估有完整切除手術機會者，可以考慮二次手術治療。