通常所見的肛瘺多半是腺源性肛瘺即肛門直腸交界的齒狀線部位有一個肛竇，里面有一個肛腺開口于齒狀線上，細菌通過肛腺開口的位置進入的腺管，向肛門直腸周圍的疏松間隙蔓延，引起繼發感染，這是最常見的原因。除了這種原因之外，還有其他類型比如結核桿菌感染引起，患者曾經得過肺結核、腸結核，結核桿菌可通過腺管的開口繼而引起肛周感染。這些病人往往有相關的結核病史，對于肛瘺病人，醫生一般要詢問患者有無結核病史，區分是腺源性肛瘺還是結核桿菌感染引起肛瘺。除了以上兩種病因外，還有炎癥性腸病合并的肛周感染，炎癥性腸病是非特異性的腸炎，包含有克羅恩病和潰瘍性結腸炎這兩大炎癥性腸病。細菌在肛瘺的位置植入繼而引起肛周感染，也可通過直腸的炎癥，透壁引起直腸肛門周圍疏松間隙的感染，這叫做炎癥性腸病合并肛瘺。對于每個肛瘺的患者，首先從病原菌、發病的來源，以及發病的部位、范圍，包括全身癥狀等所有的因素進行綜合評估，才能夠有效地去區分是何種類型的肛瘺。