肛瘺的復雜性主要根據其走向、開口、位置決定，如具有2個或2個以上開口，瘺管走向不固定，位置可位于括約肌、皮下等，任何檢查均難以確定患者肛瘺開口數量、瘺管位置及走向，具有不可預知性，故治療比較棘手，需謹慎對待，方可徹底治愈。臨床上，肛瘺和肛周膿腫是一種疾病兩種過程，肛周膿腫是肛周感染急性期，如果肛周膿腫遷延不愈，可逐漸形成肛瘺。