新生兒心臟5mm小孔能不能自愈，取決于5mm小孔長的部位，具體如下：1、房間隔：如果長在房間隔，而且是房間隔中部，即中間繼發孔型的5mm房間隔缺損，則完全可以治愈，而且治愈幾率非常高，3歲以內80%-90%能夠自己長上，能夠自愈；2、主動脈與肺動脈之間：屬于動脈導管未閉，自愈的可能性非常小，因為主動脈和肺動脈之間的壓力差非常大，5mm小孔持續有高速血流經過，很難使未閉的動脈導管收縮再長上，因此自愈可能性非常小；3、室間隔：稱為室間隔缺損，還分成干下型、肌部、膜周部，對于肌部和膜周部的室間隔缺損，5mm有自愈的可能性，自愈幾率大約是60%-70%，一般在4歲以內可以自愈，可以動態觀察。如果是干下型，長在主肺動脈瓣下，就沒有自愈的可能性，需要盡早采用手術治療的方式關閉。