肝內膽管結石通常無法自愈，即使是5mm的比較小的肝內膽管結石也不能自愈。但如果是單發的5mm大小的肝內膽管結石，臨床上無癥狀，可定期觀察，暫時無需做特別處理，無需吃藥、打針、手術，但要每年定期復查，做最簡單的B超檢查即可，觀察結石是否增多、增大。 如果是多發的5mm大小的肝內膽管結石，臨床上又出現腹痛、畏寒發熱、膽管炎癥狀，需要進行外科處理，包括手術、ERCP。肝內膽管結石，特別是比較小的結石，在臨床上需要與其他疾病進行鑒別，包括肝臟的鈣化灶、肝臟血管瘤，因為在B超下以上疾病均表現出高密度影。