腎結石的診斷，首先取決于患者是否有明顯臨床癥狀，其次是必要的影像學檢查。一部分患者由于結石較小，未形成梗阻，可能沒有任何臨床表現，這類腎結石通常在體檢時發現。B超是一個簡單、安全、有效診斷腎結石的方法，對2mm以上的結石診斷準確率非常高，而且安全無創。患者如果有明顯的臨床癥狀，可以表現出典型的腎絞痛癥狀、血尿癥狀以及惡心、嘔吐等臨床表現。在此基礎上，應用影像學檢查進行輔助診斷，影像學檢查的選擇方面，可以用B超作為篩查方法。通過腹部平片進一步檢查，腹部平片對90%的結石診斷準確，但是由于尿酸結石和黃嘌呤結石是透光結石，推薦做靜脈腎盂造影，可以顯示整個尿路的情況，以及陰性結石、腎功能情況。目前臨床上對于泌尿系統結石，尤其是腎、輸尿管結石，推薦的檢查項目是腎臟CT平掃，通過整個尿路的顯像可以發現1mm以上的結石。其他檢查，比如CTU、MRU等檢查手段，在特殊情況下才應用。