患兒室間隔缺損手術有疼痛感，不同室間隔缺損與不同手術方式，對患兒影響不同。如果缺損在膜部，較小的室間隔缺損可選擇微創治療，可使用內科介入封堵治療，對肌肉組織牽拉較少，疼痛感較小，甚至無疼痛。 少部分室間隔缺損無法通過微創治療，僅可通過開刀手術治療，需要體外循環，分為正中切口以及右側切口，正中切口損傷較大，術后疼痛感較強。體外循環下進行室間隔缺損修補術，需放置常規引流管，引流管引起的術后疼痛感較重。因此室間隔缺損手術會出現疼痛感，但如果選擇微創手術，患兒疼痛感較輕。