胚胎發育不良大多數的情況下都是自身的受精卵、染色體或者是基因的疾病所致，在妊娠早期就發生了自然淘汰。在妊娠早期發生自然淘汰，大約有70%-80%是由于胚胎的染色體問題或者是由于基因的嚴重缺陷。導致胚胎發育不良的原因有很多種，包括母體的因素，也包括胚胎自身的因素，還有感染因素。1、母體因素：大約有20%-30%胚胎發育不良是由于母體的因素，比如母體合并有一些比較嚴重的疾病，如心臟病、糖尿病、高血壓等，在這樣的狀況下很有可能不利于胚胎的逐漸生長發育，在這個過程中容易增加懷孕早期流產的可能性。另外異位妊娠癥的女性或者是合并有類風濕、系統性紅斑狼瘡等風濕免疫性疾病，包括抗磷脂綜合征等，也會表現成在懷孕早期甚至是中期發生胚胎發育不良、胚胎停止發育，甚至出現了懷孕中期的時候胎死宮內的可能；2、感染因素：有一部分胚胎發育不良可能是繼發一些特殊的病原體感染，比如弓形蟲的感染、風疹病毒感染、巨細胞病毒等，這一系列的病毒感染也都有可能會導致胚胎在發育的過程中出現自然的停止發育。由此可見，胚胎發育不良的原因多種多樣，當發生了胚胎停止發育的時候，需要根據每個人不同的病情來進行相應的檢查，這樣才能為后續的再次妊娠提供更好的診斷以及治療的依據。