無痛胃腸鏡和普通胃腸鏡的區別在于是否進行麻醉，進行胃腸鏡時，均需要進行腸道準備，如禁食禁水，術前抽血化驗、評估等。但在檢查胃腸鏡時，進行無痛胃腸鏡患者會提早進行輸液，輸注林格氏液或生理鹽水，在擺好體位以后，麻醉師會推入麻醉藥，通常應用丙泊酚、瑞芬泰尼。患者麻醉后醫生先進行胃鏡檢查，觀察結束以后退出胃鏡，換為結腸鏡，再進行結腸檢查。如果僅為普通檢查，整個過程無需進行病理組織檢查和治療，在20-30分鐘即可結束。如果需要進行活檢，如多部位活檢，甚至內鏡下治療，則時間無法確定。