普通胃腸鏡檢查，相對較痛苦，檢查時需要使用一根橡膠軟管，經過口腔、喉嚨、食道、胃，直到十二指腸，管子在經過咽喉部位時患者會非常不適，可導致惡心、嘔吐的現象。腸鏡在腸內游走，亦會覺得疼痛，所以較多患者不愿進行胃腸鏡檢查。目前臨床已經具有無痛胃腸鏡檢查，在檢查前通過注射麻藥，使患者進入睡眠狀態，可在檢查過程中及醒來之后沒有任何不適感覺。