巧克力囊腫是由于經血逆流，經血中有生存能力的細胞在雌激素的影響下不斷復制長大，造成巧克力囊腫。預防復發主要是讓經血不再逆流或者沒有經血，即可以達到預防的目的。患者一旦懷孕，再加上哺乳時間，將近兩年的時間沒有月經，這是非常好的預防復發策略。 如果不想生育，可以用藥物減少月經，或不來月經，比如口服避孕藥，使用高劑量孕激素，甚至促性腺激素釋放激素激動劑即GnRHa，月經量會減少甚至不來后，也能起到預防復發的目的。