巧克力囊腫術后，一般醫生會建議應用GnRH-a來預防短時間之內的反復發作。巧克力囊腫實際上是卵巢子宮內膜異位囊腫，屬于子宮內膜疾病，是通過一種特殊的途徑轉移到卵巢上，在卵巢周期性排卵、周期性的雌、孕激素水平的刺激下，異位到卵巢內部的子宮內膜，依然也會發生出血。伴隨著出血量越來越多，就會積存成一個越來越大的囊腫，隨著時間的延長，大部分的水分被重新吸收，血液變得越來越黏稠。而且由于時間延長，鐵元素的析出，顏色也會變得越來越深，像巧克力液，所以都會習慣的將卵巢子宮內膜異位囊腫稱為巧克力囊腫。巧克力囊腫屬于卵巢子宮內膜異位癥，因此在進行剝除之后，醫生擔心是否有殘余的少許異位子宮內膜留存在卵巢內。如果發生了少許子宮內膜細胞殘留，在未來卵巢持續性分泌雌、孕激素水平的作用下，依然會再次發生卵巢子宮內膜異位囊腫。所以為了在短時間之內抑制再次發作，就會應用GnRH-a這種促性腺激素釋放激素激動劑，能夠抑制卵巢的排卵功能，讓體內的雌、孕激素水平處于絕經后的狀態。在低雌、孕激素水平狀態下，能夠讓異位到卵巢上的子宮內膜發生壞死、萎縮，繼而能夠減少很大程度上的復發，所以應用藥物能夠起到一定的避免復發的功效。應用讓卵巢抑制排卵、讓卵巢內分泌功能處于抑制狀態下藥物，女性有可能就會出現絕經期、圍絕經期的癥狀，比如潮熱、出汗、心悸、情緒低落、抑郁或者容易暴怒等等軀體上、心理上的變化。比較嚴重的時候，甚至還可以應用藥物，比如低劑量的雌激素來進行反向添加。此外，關于巧克力囊腫術后是否需要打針，需要因人而異。