肝臟磁共振可以檢查部分良性病變，例如脂肪肝、肝囊腫、肝臟血管瘤、局灶性結節增生、肝臟腺瘤等。還可以檢查惡性病變，例如肝癌、肝臟轉移瘤。肝癌檢測有其獨特特異性和敏感性。因為肝癌一般發生在肝炎、肝硬化患者，其演變過程一般是從再生結節到不典型增生結節，最后發展為小肝癌，各個階段信號特點表現不同。現在肝臟特異性對比劑會對肝臟早期病灶，發現以及檢出存在重要臨床意義。 膽囊磁共振檢查可以檢查出常見膽囊結石、膽囊腺肌癥以及膽囊癌，MRCP檢查又稱為磁共振胰膽管成像，具有簡單、快速、準確率高的特點，無需應用對比劑。此項檢查對于膽道疾病，尤其是梗阻性黃疸會效果較好，不僅可以進一步明確膽道結石部位、數目，還可以進一步明確梗阻部位、范圍以及病理性質，為臨床診斷提供進一步診斷依據。