通常咳嗽藥和益生菌沒有沖突，所以喝咳嗽藥的同時，通常可以喝益生菌。咳嗽藥通常是指止咳藥，西藥包括復方可待因、右美沙芬以及切諾，中藥有各種各樣的成方，主要有止嗽化痰顆粒、蘇黃止咳、橘紅丸等，通常與益生菌沒有沖突。尤其是小孩，為建立正常的腸道菌群數，可以經常喝益生菌。但是通常藥物要分開喝，兩種藥物之間，基本要間隔1-2小時再喝。如果一同服用，可能增加胃腸道的不良反應。如果咳嗽時服用抗生素，由于抗生素對益生菌有較大的影響，所以盡量不喝益生菌。也可間隔時間延長，待抗生素停用之后，再喝益生菌。因為抗生素對益生菌有殺滅作用，可以導致益生菌在腸道內無法起效，對胃腸的調理作用消失。