消化不良的患者可以服用益生菌，消化不良的患者可能存在菌群失調問題，因此臨床上通常會給這類患者開取益生菌處方，存在脾胃虛弱、脾胃濕熱 、脾胃虛寒等體質問題的患者亦可以使用益生菌調節。 需要注意區分益生菌與益生元，益生菌對人體有益，而益生元為細菌的食物，二者可以配合使用。醫院內益生菌包括雙歧桿菌、雙歧桿菌的三聯活菌膠囊及四聯活菌片，以上藥物任選其一隨餐服用即可。 二聯不需要放冰箱且攜帶方便，三聯為膠囊狀，而四聯為片狀，因此可以根據病人喜好選擇。 部分因為覺得膠囊難咽，而不愛服用膠囊的患者，可以選擇片劑，亦可以將膠囊脫殼，放入常溫的牛奶或粥內進行服用，片劑一般可以碾碎，但最好按照原有的形態服用，降低其在胃內被消化的概率。