草酸鈣結石來源于尿液中草酸鈣結晶的形成，逐步發展形成結石，而草酸鈣結晶由于尿液中的草酸和鈣結合導致，并從尿液中析出，常常在酸性尿液中析出。結石成因非常復雜，通常由晶體發展而來，而結晶的晶體成分不同，將結石分為含鈣結石、感染性結石、胱氨酸結石和尿酸結石，結石可以是單一成分，也可以是復合成分。由于結石病因的復雜性，通常分為外界因素，比如自然環境、天氣等，個體因素，比如膳食結構、飲食習慣，還有是否有內分泌或者代謝性疾病等，泌尿系統的因素包括泌尿系統是否存在梗阻和感染。尿液的成石因素，在外界因素、個體因素和泌尿系統因素的綜合作用下，會導致尿液中的成石因素增加，抑制成石因素減弱，從而導致尿液中的有形成分逐步析出，這些析出的物質為結晶，結晶進一步發展成為結石。由于草酸鈣結晶容易在酸性尿中析出，所以在臨床上通常對草酸鈣結石的預防，要進行堿化尿液處理。