雙氧水最主要的作用就是殺滅口腔內的細菌。通常洗牙時醫生是用儀器洗牙機通過震動從牙齒表面清除細菌，在這個過程當中為了要降低溫度會噴水，所以會有很多的飛沫。用雙氧水漱口最主要是減少口腔內的細菌，以及在隨后的牙科的治療過程當中，隨著唾液飛奔到口腔周圍環境當中，減少飛沫當中的細菌。所以現在已經不僅是洗牙，在口腔治療之前醫生都會給雙氧水漱口水，或者其它的抗炎、殺菌作用的漱口水，降低口腔內的細菌的數量。 日常在家里面口腔衛生維護時，也可以用低濃度的雙氧水來漱口，尤其是有嚴重牙周病的患者，把牙刷干凈清除干凈之后，配合用雙氧水或者其它的漱口水，可以幫助更好的抑制口腔內細菌生長的速度，減少尤其有害的細菌的數量，能夠讓口腔維護在細菌數量比較少、毒素比較低的環境，有利于牙周組織的健康。所以無論是雙氧水的漱口水還是其它有抑菌抗炎作用的漱口水，都不能代替刷牙、用牙線清除牙菌斑的作用。但是可以輔助、幫助減少口腔內的細菌，減少牙菌斑的生長。