碳酸氫鈉屬于堿性溶液，可以起到輔助治療口腔真菌感染的作用。碳酸氫鈉漱口可以使口腔形成堿性環境，而真菌不適應堿性環境。因此雖然碳酸氫鈉無法抗真菌，但可以抑制真菌的發展。鵝口瘡、義齒性口炎等真菌感染患者，可用碳酸氫鈉漱口，義齒性口炎患者還可用碳酸氫鈉漱口水浸泡假牙抑制念珠菌生長。此外，真菌感染的患者需給予抗真菌藥物進行治療，如制霉菌素、克霉唑等。病情比較嚴重患者，需給予氟康唑等口服藥物進行治療。