嬰兒心臟房間隔缺損是由于胎兒心臟在發育過程中受到一定干擾，尤其在懷孕早期12周內心臟房間隔形成原發隔和繼發隔。 心臟發育早期形成的原發隔從心房頂部開始向下生長，大約生長到1/2時會繼續向下生長，上面1/2原發隔會被逐漸吸收，被吸收后的原發隔右房側會再長出一個房間隔，稱為繼發隔。繼發隔將原發隔進行填補，如果完全填補心臟就可以正常發育，如果填補不全就會形成心臟房間隔缺損。 一般房間隔缺損是繼發性房間隔缺損，多是由于繼發隔未完全發育造成，但也存在原發性房間隔缺損，原發性房間隔缺損是由于原發隔從心房頂部向十字交叉位置生長過程中未完全生長導致。