目前肛瘺的治療以手術治療為主，原則為清除病灶、盡可能保留肛門功能，具體如下： 1、切開肛瘺，待其自然愈合； 2、切除瘺管，進行縫合； 3、通過掛線手術進行治療，防止括約肌的急性斷裂導致肛門失禁，通常造成患者痛苦明顯，喪失一定程度的括約肌功能； 4、瘺口數量較多等病情復雜的肛瘺患者，一般需制定個體化治療方案，如進行松弛掛線和虛實掛線的結合治療； 5、通過栓塞、肛瘺栓、LIFT手術，可保留患者的括約肌，也可通過干細胞移植等方法進行治療。