膽總管囊腫確診，建議盡早手術治療。膽總管囊腫的手術方式經歷了隨著年代而發生演變的過程。由于對于這種疾病的認識，最開始都是做膽總管囊腫十二指腸側側吻合術，但是后來發現這種手術方式并不能夠減少包括膽管結石、膽管炎甚至是癌變的風險，甚至有可能會增加膽道逆行感染的概率。因此現在對于膽總管囊腫都是采取囊腫完整切除，同時做膽管空腸的Roux-Y吻合手術方式。這種手術方式主要適用于肝外膽管囊狀擴張癥，也就是膽總管囊腫的Ⅰ型。 如果說膽總管出現憩室，可以做局部憩室切除，而不需要重建膽道。如果膽總管囊腫累及肝內的膽管，出現肝內外膽管擴張，為保證囊腫的完整切除，需要做部分肝臟切除，或者盡量的往肝內進行膽管的囊腫切除。這種手術難度相對會比較大，要權衡手術的利弊以及患者身體的承受能力，最常使用的手術方式就是剛才所說的膽總管囊腫完整切除，然后進行膽管和一段小腸的重新吻合。