阿托伐他汀鈣的不良反應主要有橫紋肌溶解和肌病，因為他汀類藥物偶爾可以見到不良反應，這是由于橫紋肌溶解所引起的肌紅蛋白尿，繼發會有急性腎功能衰竭。阿托伐他汀鈣對有腎損害病史的患者來說，是出現橫紋肌溶解的危險因素之一，所以建議密切監測藥物對骨骼肌的影響。此外和其他他汀類的藥物類似，阿托伐他汀偶爾也會引起疾病，如肌肉疼痛或肌肉無力，同時伴有肌酸、肌酶升高等。 此外高劑量的阿托伐他汀和某些特定的藥物如環孢素、克拉霉素、伊曲康唑等聯合使用，可能會增加疾病或橫紋肌溶解的風險。阿托伐他汀鈣的不良反應還包括肝酶異常，他汀類藥物可能會引起肝功能生化指標異常。臨床研究顯示接受阿托伐他汀治療患者可能會出現如谷草轉氨酶、谷丙轉氨酶升高等不良反應。因此在開始接受阿托伐他汀用藥前，建議進行相應的肝酶檢測，并根據臨床指征來進行監測，在醫生的指導下合理用藥。