小便時尿道刺痛、流膿的常見原因如下：1、普通尿路感染：常見于急性尿道炎、急性前列腺炎，患者除尿痛、尿道口流膿外，還合并有尿頻、尿急、尿痛等癥狀，流出膿性分泌物為白色，根據膿性分泌物培養、藥敏試驗可以確診。經過經驗性用藥、抗生素治療，或者根據藥敏結果選擇敏感抗生素，按療程治療，上述癥狀均可得到控制；2、特殊病原體感染：常見于淋球菌性尿道炎，即淋病。如果患者發病之前存在不潔性生活史，要考慮是淋球菌性尿道炎。淋球菌性尿道炎患者除尿痛、尿道流膿外，還有尿道口黏膜紅腫、發癢、刺痛、尿頻、尿急、尿痛，甚至血尿。膿性分泌物顏色為黃綠色，具有傳染性，可通過性接觸傳播，也可通過帶有淋球菌的衣物、毛巾、浴盆、便桶等引起間接傳播。患者治療期間應避免性生活，注意個人衛生，避免與家人接觸，以免造成傳播。