卵巢巧克力囊腫破裂，在臨床上治療最好的方法是手術治療。囊腫一旦破裂病人會表現為急性下腹部疼痛，并且會出現惡心、嘔吐、肛門下墜感，嚴重的出血多可能會導致病人失血性休克。在手術過程中，一定徹底清理盆腔，盡量減少巧克力囊腫溢出的組織，在盆腔內種植在其他臟器上。并且在手術后要進行后續治療，比如用唯散寧(地諾孕素片)進行治療；另外，也可注射醋酸曲普瑞林。后續治療主要是抑制卵巢巧克力囊腫復發的可能性。因為巧克力囊腫一旦破裂，其碎片將在盆腔、腹腔內種植，所以術后后續治療非常重要。此外，建議手術后，病人在飲食上不要吃含有雌性激素的食物，以減少卵巢巧克力囊腫復發的可能性。術后還需要定期做婦科檢查、B超檢查，了解卵巢巧克力囊腫是否有復發的可能性。