吞咽困難的康復訓練方法，臨床上根據患者的評定結果而決定。正常吞咽有準備期、口腔期、咽期和食管期，在這四個期之前還有先知期，所以通常可以分為四個期或者五個期。對于大腦半球的損傷，導致吞咽困難的特點主要以口腔肌障礙為主，所以口腔肌障礙的康復訓練方法主要是以改善口唇、舌體、下頜的運動為主。腦干損傷的患者通常以咽部感覺障礙為主，通過溫度刺激或感覺刺激，可恢復患者咽部的感覺，使其能夠感知食物，以減少誤吸。腦干損傷之后導致環咽肌不開放，也可以進行球囊擴張治療、肉毒毒素注射治療等，均可以有效改善患者的吞咽功能。