肥厚型梗阻性心肌病存在心肌肥厚、心臟梗阻兩個特點，心肌肥厚和心肌梗死相互影響，故臨床治療主要針對心臟肥厚引起的類似缺血癥狀，和梗阻引起的猝死風險增高進行。臨床治療的藥物主要有兩類，一類是β受體阻滯劑，可從一定程度上減弱心肌收縮力、減少心肌耗氧，從而減輕胸痛、胸悶等癥狀。另一類是鈣離子通道阻滯劑，可減弱心肌收縮力，減少心肌耗氧，上述兩種藥物主要是改善心臟癥狀。 但心臟猝死風險多由于心臟內外壓力差導致，因心臟出口梗阻后內部壓力非常大，外部壓力小，壓差越大則猝死風險越高，所以可采用手術進行治療。手術方式主要有兩種，一種是外科心肌切除術，可將梗阻位置心肌切除掉。另一種是內科微創介入，將心肌損毀，從而可減少猝死風險。