橫紋肌肉瘤主要采取以手術、放療和化療為主的綜合治療，即多學科協作。如果可以手術切除，則最好達到完整切除，如果腫瘤在顏面部，不能擴大切除，也應盡量達到僅有鏡下殘留，避免殘留過多。如果不能完全切除，或者病變累及眼眶、陰道、膀胱、膽道等重要器官，可先化療或者加放療使腫瘤縮小，然后再進行手術。 橫紋肌肉瘤胚胎型的第Ⅰ期無需放療，預后較好，但Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期均需放療。腺泡型惡性程度比較高，容易局部復發，即使Ⅰ期也需進行放療，手術完全切除后1周內可進行放療。顱底侵犯的患兒有明顯壓迫癥狀，需要緊急放療，可以在化療前先進行放療。有條件的情況下可以考慮質子放療，比普通放療、適形放療更精準，能夠更好地保護靶區周圍的正常組織和器官，根據危險度分組采取不同強度進行化療。 總之，通常臨床根據影像學和其它檢查估計腫瘤能夠基本完全切除的，可先進行手術，完全切除困難者先做活檢，明確診斷后先化療再手術。