在腦梗急性期不建議患者打疫苗，但在恢復期、穩定期可以注射疫苗。大腦相對處于免疫豁免區域，會阻止抗體進入，包括注射疫苗時產生的抗體，若進入腦部，可能會引發腦部疾病或脫髓鞘性疾病，如急性播散性腦脊髓膜炎、脊髓炎、視神經脊髓炎等。所以不建議腦梗急性期患者，尤其在發病前2周打疫苗。大腦存在特殊的保護結構，稱為血-腦屏障，可以將血液與大腦成分分開并將IgG等大蛋白隔離于血液系統，而腦梗死會由于患者的局部大腦壞死而導致血-腦屏障破壞。而疾病到達穩定期，即3個月后，血-腦屏障修復已完成，此時患者可以打疫苗，不會損傷大腦而引起神經系統疾病。