患者扁桃體肥大進行切除手術后對身體通常沒有特殊影響，兒童時期扁桃體呈生理性肥大，若無任何臨床癥狀通常不予干預，患者在10-14歲時扁桃體會逐漸萎縮。如果部分患者扁桃體出現三度肥大情況，可能阻塞咽腔導致咽腔狹窄，此時可能引起患者打鼾，或在打鼾過程中出現呼吸暫停現象，缺氧情況對兒童患者影響較大，可能造成智力或身體發育異常，需將肥大的扁桃體切除。除上述情況外，若扁桃體反復發炎，達到連續2-3年且每年發炎3-5次的頻率時，或患者長期低熱癥狀可能也與扁桃體慢性炎癥直接相關，均建議切除。當慢性扁桃體炎引起風濕性關節炎、風濕性心臟病或腎炎等遠期并發癥時，同樣需將扁桃體切除。