在近視治療的手術方式中，目前認為全飛秒激光手術是較安全的手術方式。因為通過飛秒激光治療近視是在角膜基質層內磨制一個鏡片，然后通過2mm的小切口將鏡片取出，從而改變角膜的屈光狀態，使患者的視力得到矯正。因為不用制作角膜瓣，切口也較小，所以可以規避術后干眼或角膜瓣復位不良、角膜瓣下渾濁、角膜瓣感染等并發癥。此外，因為全飛秒激光整個過程都由一種激光完成，而且飛秒激光的能量更強，所以它對角膜組織的損傷也較小。因此，全飛秒激光從手術損傷及術后發生并發癥的可能性而言，都比一般的近視眼手術要低。