腦部磁共振目前是檢查腦內病變常用手段，磁共振對腦的病變顯示非常清楚，比CT更加優勢，特別是對小病變CT檢查不出來時，磁共振通常能夠發現。主要可以檢查出腦腫瘤，包括星形細胞瘤、淋巴瘤、轉移瘤、垂體腫瘤。腦內畸形，包括胼胝體畸形，還有小腦畸形、腦裂畸形、腦血管畸形、腦血管動靜脈瘺、海綿狀血管瘤。 另外，可以用于腦血管意外的患者，特別是急性腦梗死的患者必須用磁共振才能夠早期診斷。還有不同時期的腦出血，顱內感染病變，比如病毒性腦膜腦炎、化膿性腦膜腦炎、結核性腦膜炎、腦炎，還有寄生蟲感染、脫髓鞘病變、腦缺血病灶、腦中毒，包括酒精性中毒，還有一氧化碳中毒都可以用磁共振檢查。