肺部真菌感染住院時間不定，需根據病情輕重、治療是否有效，以及有無并發癥而決定。真菌感染常見于免疫力低下患者，由于抵抗力低、營養狀況較差，多數情況下治療時間比細菌性肺炎治療時間會長，常有1-3個月時間。患者是否可以出院還需要看患者體溫是否正常，以及咳嗽、咳痰是否好轉，影像學病變是否縮小、痰檢是否查到真菌孢子和菌絲，以及有無嚴重并發癥等決定。 部分患者靜脈輸液抗真菌治療以后癥狀可以明顯緩解，抵抗力較強，可以改為口服抗真菌治療，也可考慮出院，在家繼續口服抗真菌藥物。抗真菌藥物治療要求長期，常需要治療3-6個月，故出院以后需要定期到醫院復查肝腎功能、血常規和肺部CT。