慢性萎縮性胃炎治療時也分為對因治療和對癥治療。對因治療主要是針對物理因素、化學因素、生物因素進行調整，避免煙酒、刺激性食物，有幽門螺桿菌的人一定要及時進行根治。黏膜保護劑還有抑酸藥，針對癥狀進行對癥治療，改善消化能力各方面。但萎縮是長期慢性炎癥導致的黏膜變薄，在臨床試驗中發現，長期用藥不論是用保護胃黏膜藥、抑酸藥，還是促進黏膜生長的藥，最終都起不到讓萎縮的黏膜恢復正常的作用。慢性萎縮性胃炎的病人，可以控制、減緩萎縮的急速發展，但是不能逆轉，沒有根治的可能。