因為磁共振具有無電離輻射的特點，是綠色環保的檢查方法，所以對于胎兒也是很重要的檢查手段，主要是用于胎兒先天發育畸形、先天腫瘤進行診斷。如在腦部有胼胝體發育不良、后顱窩先天性畸形、腦組織先天性腫瘤，還包括肝臟、腎臟先天發育缺如、轉位，還有先天性腫瘤，比如神經管閉合畸形等，磁共振都是很有力的診斷手段。 在早孕期間，即懷孕12周內，孕婦要謹慎地進行磁共振檢查，雖然現在還沒有證據來證明磁共振對于早孕12周之內，即胎兒器官形成的重要時期會有影響。但基于倫理學的考慮，國家還沒有批準在懷孕12周之內對胎兒進行核磁共振檢查。所以對這種情況一定要慎之又慎，如果有剛剛懷孕在12周之內的孕婦，進行檢查時一定要提前聲明，做好評估方可進行檢查。 胎兒磁共振具有很明顯的客觀性先天優勢，但也有比較復雜的地方，如對孕婦的要求比較高，所以在進行胎兒磁共振時，往往都要進行超聲篩查。超聲仍然是胎兒檢查的主要檢查手段，磁共振是超聲的有力補充。