卵巢巧克力囊腫，可能會影響月經不調，因為囊腫在卵巢局部，而卵巢又是重要的內分泌器官，當囊腫形成之后，對卵巢局部的細胞會造成影響，因此會引起內分泌出現異常，所以會導致月經出現不調。卵巢巧克力囊腫還會導致出現進行性加重的痛經、下腹部疼痛、不孕不育。因此，對于卵巢巧克力囊腫，要積極給予治療，比如可以口服藥物治療，可以服用丹莪婦康煎膏，來治療痛經的癥狀。對于卵巢巧克力囊腫，還可以選擇手術的方法進行治療，比如出現囊腫直徑大于四公分，可以選擇腹腔鏡手術，也可以選擇開腹手術，都能達到很好的治療目的。一旦出現月經不調，建議根據具體情況，給予用藥進行治療。并且也建議這種病人，在日常生活中，少吃含有雌性激素的食物，以免加重病情。