巧克力囊腫，又稱為子宮內膜異位囊腫，會影響懷孕。巧克力囊腫是指子宮內膜種植到卵巢中，子宮內膜正常應該是種植在子宮腔里。如果子宮內膜種植到卵巢里，在卵巢里就會像月經前正常的子宮內膜樣增厚，甚至出血，囊腫破裂以后流出來的液體像巧克力的顏色，實際是陳舊性積血。子宮內膜異位癥影響懷孕主要是因為會影響卵巢功能，影響卵巢排卵。子宮內膜不僅可能會種植在卵巢內，也可能種植在盆腔其它部位，會導致輸卵管扭曲、變形。輸卵管是用來運送卵子和受精卵，輸卵管變形，會導致輸卵管功能異常，此外還會釋放炎性因子，干擾受精過程。所以有巧克力囊腫的患者容易合并不孕癥，但是懷孕對治療巧克力囊腫有利，所以建議巧克力囊腫患者盡早備孕。如果懷孕有困難，可以尋求輔助生育技術的幫助。