結核性腦膜炎最簡便的確診方法是通過腦脊液做結核菌涂片，如果能夠找到結核菌就能夠確診。但是腦脊液中結核菌含量低，據文獻報道只有10%-20%。 目前通過改良抗酸染色可以把腦脊液的結核菌陽性率提高到40%-50%。目前比較推廣的檢測方法是分子桿菌檢測tspot，文獻報道其特異性100%，敏感性是60%。所以世界衛生組織推薦對于疑似結核性腦膜炎的患者，可以常規做tspot確診。但此方法不能作為排除診斷。 此外，還可做結核菌培養，包括固體培養和液態培養。但是需要的時間比較長，液體培養至少需要10天，固體培養大概要8周。