幽門螺桿菌總治不好，可能與感染細菌的耐藥性有關，即感染的細菌可能是耐藥菌，需要調整治療方案，常從以下方面入手：1、抑酸劑的選擇：需要了解既往所使用抑酸藥物的情況，盡量要選擇作用比較強、抑酸作用比較持久、快速的藥物，以及受個體基因狀態影響比較小的藥物，比如雷貝拉唑、艾司奧美拉唑，以及鉀通道的阻滯劑沃克，即伏諾拉生等，受個體影響相對比較小，而且抑酸作用比較強；2、抗菌素選擇：根據當地抗菌素耐藥情況的數據進行選擇，目前第一是阿莫西林，耐藥率相對比較低，還有呋喃唑酮以及四環素，耐藥率的發生相對比較低，可以選擇上述藥物進行組合；3、規范服藥：如是否規范服藥，以及依從性是不是很好，均需要進行改進，包括劑量以及服藥時間，均要按照醫囑執行，每次治療的時間不能少于2周。經過上述治療后，如果幽門螺桿菌還是不能夠治好，便需要進行幽門螺桿菌耐藥的監測。可以做幽門螺桿菌的細菌培養，根據細菌培養再進行藥敏的實驗，挑選出能夠對幽門螺桿菌具有較強殺滅作用的藥物進行組合，同樣是提高幽門螺桿菌治療效果的途徑。